Фонд фундаментальной библиотеки ЯГПУ — одной из крупнейших среди библиотек педагогических вузов России — насчитывает 1 миллион 350 тысяч единиц хранения. Свыше 300 тысяч составляют книги и журналы, изданные в период с XVI века по начало ХХ века, из них более 50 тысяч экземпляров на английском, немецком, французском языках. Собрание периодических изданий составляет более трех тысяч названий журналов и газет, общим количеством свыше 100 тысяч экземпляров.
Отрасли знаний, которые охватывает книжный фонд библиотеки: естественные, общественные и гуманитарные науки, история, экономика, политика, государство и право, просвещение, филология, искусство, религия, философия, психология, художественная литература.