После реорганизации последнего переводится в Ленинград в ЛГПИ им. Герцена, который оканчивает в 1926 году по педагогическому отделению. После окончания института работает преподавателем в Покровском педагогическом училище в Подмосковье, где преподает психологические и педагогические дисциплины.

В августе 1927 года становится научным сотрудником и одновременно аспирантом научно-исследовательского института педагогики в Москве.

С 1930 года В.С.Филатов работает на руководящих должностях в ряде вузов СССР (Краснодар, Ставрополь, Калинин, Соликамск). В 1942-1944 гг. В.С. Филатов работает заведующим отделом пропаганды и агитации Кунцевского горкома КПСС Московской области.

В 1944-1946 гг. он директор областного института усовершенствования учителей и одновременно доцент Московского областного педагогического института. В 1946 году начинается ярославский период деятельности В.С.Филатова. Он работает заместителем директора Ярославского педагогического института.

В.С.Филатов создатель Ярославской психологической школы, одной из ведущих в СССР. Организатор многочисленных научных конференций по психологии в Ярославле. Директор Ярославского педагогического института (с февраля 1952 года по 1954), сочетает административную работу с заведованием кафедрой.

С октября 1954 по август 1956 года В.С.Филатов работает в Китае советником Министерства просвещения КНР по высшему образованию, оказывая помощь в развитии педагогических вузов Китая, развертывании научно-исследовательской работы, подготовке научно-педагогических кадров. Там он читает лекции для специалистов высшей школы по философии и психологии, часть которых опубликована на китайском языке.

По возращении из Китая В.С. Филатов вновь назначается директором института и профессором кафедры педагогики и психологии, а с ноября 1959 года — заведующим вновь восстановленной кафедры психологии (после его отъезда она была слита с кафедрой педагогики, которая существует по сегодняшний день.) Здесь он работает до сентября 1970 года, т.е. до момента перехода в воссозданный Ярославский государственный университет. В.С. Филатовым опубликовано около 50 научных работ, в их числе 8 книг и брошюр, преимущественно по проблемам психологии характера.

Он был награжден орденом Ленина, медалью К.Д.Ушинского, Почетным орденом Китайско-Советской дружбы, многими другими знаками отличия.